Forvaltningen trenger kunnskap om effekter av tiltak for trua arter og naturtyper. Formålet med programmet er å overvåke effekten av igangsatte tiltak på status og tilstand for et utvalg av trua arter og naturtyper som er prioritert av miljøforvaltningen. Overvåkingen bygger på tidligere anbefalinger på hvilke metoder og detaljnivå som kan realistisk gjennomføres for ulike arter og naturtyper. Programmet skal dessuten bidra til å bygge opp tidsserier, en systematisk oversikt over igangsatte og nye tiltak og gi anbefalinger til miljøforvaltningen. Programmet krever en tett dialog med oppdragsgiver, statsforvalter og relevant sektormyndighet.