Programmet sikrer overvåking av økologisk tilstand og utvikling i et utvalg av de største norske innsjøene. Gjennom vanndirektivet (WFD 2000/60/EC) har Norge forpliktet seg til å forvalte alt vann i Norge på en helhetlig økologisk måte. Direktivet setter som mål at det skal ivaretas eller oppnås god miljøtilstand i vannforekomstene. Norge har også nasjonale og internasjonale forpliktelser for noen av våre innsjøer da de er spesielle og ikke finnes i resten av Europa. For mer informasjon om Vannforskriften, se Vannportalen. ØKOSTOR 2026-2031 er en videreføring av programmet.